63岁的一位浙江大伯，
退休前从事皮草加工相关事情，
被不明缘故原由的咯血折磨多年，
这几年他辗转各大医院求医，
症状不但未能缓解，
反倒愈发严重……
最终，在浙江大学医学院隶属第一医院呼吸与重症医学科周华主任与yl23455永利参股公司迪谱诊断的通力合作下，谜题被解开。
原来，大伯熏染了一种没有中文名称的有数真菌——Arthroderma。它属于皮肤癣菌中最多样化的属，最早于1963年被发明，并从兔洞或兔毛的土壤中疏散出来。
克日，迪谱诊断与浙江大学医学院隶属第一医院呼吸与重症医学科周华主任合作，将纳米孔测序手艺应用于有数真菌的全基因测序与进化剖析研究效果, 在线揭晓于International Journal of Infectious Diseases《国际熏染病学》杂志(IF：12.074)。这是第一例由Arthroderma multifidum（简称A. multifidum）引起的慢性肺部真菌熏染人类的病例。
治欠好的结核��？
着实是真菌熏染
这位大伯从2015年起，就被咯血缠上了。他还没来得及好好享受退休生涯，就最先了与病魔漫长的拉扯。他以为是自己年轻时得过肺结核落下的病根，始终无法根治。
到了2019年，他咳血的症状越来越严重，辗转多家医院后向浙江大学医学院隶属第一医院呼吸与重症医学科周华主任求助。
胸部CT显示左肺上叶有慢性熏染和受损病灶
“肺部CT看起来不像是肺结核。我们重复留了许多次痰涂片都没有找到结核杆菌，若是是结核分枝杆菌或肺曲霉菌，不应云云反重复复、控制不�。 敝芑魅翁逑�。凭证富厚的临床履历，他抽取了支气管肺泡灌洗液(BALF）送往临床微生物室作育。
经由作育发明，真凶泛起了——是一种前所未见的丝状霉菌！
菌株在35℃的马铃薯葡萄糖琼脂作育基上(PDA)颜色最初为白色，一周后逐渐变为黄色。菌落呈粉状或颗粒状 ，扁平或放射状凹槽(见上图a)。分生孢子呈梨形，近球形或椭圆形，偶见1~2个隔膜。分生孢子巨细约为3μm。
乳酸酚棉蓝染色后，可见圆形或梨形分生孢子与透明隔菌丝成直角附着(见上图b)。
全基因组测序破解谜题
迪谱诊断纳米孔单分子测序平台对该真菌举行了全基因组测序，序列经真菌数据库比对，证实该菌株为A. multifidum。该菌株被命名为浙江2016 A. multifidum。
Arthroderma是皮肤癣菌中最多样化的属，最早于1963年被发明，并从兔洞或兔毛的土壤中疏散出来。
基于纳米孔单分子测序平台对浙江2016 A. multifidum的全基因序枚举行测定剖析。效果显示，A. multifidum全基因组巨细为23.22Mb(N50=2.50Mb)，由23个contigs组成(见下表)。全基因组中GC含量占比50.18%。BLAST比对剖析显示，此序列与NCBI揭晓的A. multifidum的18S、ITS1、5.8S、ITS2和28S基因的匹配度抵达99.82%。
A. multifidum系统进化树
别的，本研究还举行了基因展望、起源功效注释和系统发育剖析。效果显示，本研究已乐成对6653个基因举行展望，对COG数据库中匹配的5287个基因举行功效分类，分属于25个种别。接纳GO注释法对浙江2016 A. multifidum的展望基因举行同源序列剖析。凭证同源性水平，3314个基因被分为3个�？�(生物历程、细胞因素和分子功效)。而与KEGG数据库的序列比对则显示了402条通路，涉及3732个基因，并对浙江2016 A. multifidum 株可能爆发的潜在生物学途径举行概述。
经由治疗，大伯的症状显着缓解，并在之后为期2年零9个月的随访中没有复发。
纳米孔单分子测序
为临床精准诊疗提供重大价值
本研究乐成发明第一例由A. multifidum引起的人类肺部慢性熏染病例，批注该真菌可引起人畜共患熏染，且首次基于纳米孔单分子测序平台完成磷泼真菌的全基因组测序和系统进化剖析。研究也充分证实，纳米孔测序手艺因其长读长、PCR free的手艺优势在未知/有数真菌的检测方面，能最大限度保存原始序列的保真度，可作为未知/有数病原体发明的有力工具。
时机性真菌熏染的急剧增添也对快速、准确的临床诊断要领提出更高需求。迪谱诊断基于纳米孔单分子测序手艺已开发迪谱纳?病原宏基因组测序、迪谱孔?病原多重靶向测序、迪谱孔?16S rDNA全长测序等多项外地化解决计划，快速、准确、高效地判别熏染病原体的同时，也为临床精准选择药物提供参考依据。
真菌喜欢缠上哪些人？
1
血液病或恶性肿瘤化疗后白细胞低下的患者；
2
患有类风湿性枢纽炎、糖尿病或多种疾病导致免疫功效低下的人；
3
一经恒久使用广效抗生素的人；
4
陈腐性肺结核或其他缘故原由导致肺部结构改变、肺功效低下的人；
5
种种缘故原由袒露在富含真菌孢子情形下（腐败植物、透风不良、空气湿润、修建物拆建工地等），且不戴口罩举行防护的人。
